לוגו שימש בישוף ופרש מהכנסייה ב-2006 כדי להתמודד בבחירות לנשיאות. ב-15 באוגוסט2008 הושבע לוגו לנשיא פרגוואי.
לוגו התמודד כעצמאי והיה מנהיג האופוזיציה בפרגוואי. יריבתו הייתה המועמדת מטעם מפלגת השלטון, בלנקה אובלר. הייתה זו הפעם הראשונה שהפסידה מפלגת "קולורדו" זה 61 שנה. באפריל2008 הוא נבחר לנשיאות פרגוואי. הקואליציה הקרויה "הברית הפטריוטית לשינוי", שבראשה עמד לוגו, הצליחה לאחד את מפלגות האופוזיציה, האיגודים המקצועיים והתנועות החברתיות.[1]