סליל-סיבוב-סליל
סליל-סיבוב-סליל הוא מוטיב מבני עיקרי המסוגל לקשור DNA. כל מונומר משלב שני סלילי α, המחוברים על ידי גדיל קצר של חומצות אמינו, הנקשרים לחריץ הראשי של ה-DNA. מוטיב HTH מופיע בחלבונים רבים המווסתים את ביטוי הגנים. אין לבלבל אותו עם מוטיב הסליל-לולאה-סליל (אנ').[1]
תגלית
הגילוי של מוטיב הסליל-סיבוב-סליל התבסס על קווי דמיון בין מספר גנים המקודדים לחלבונים מווסתי שעתוק מבקטריופאג למבדה ו-Escherichia coli : Cro, CAP ו-λ repressor, שנמצאו חולקים רצף משותף של 20–25 חומצות אמינו המקל על זיהוי DNA.[2][3][4][5]
פונקציה
מוטיב הסליל-סיבוב-סליל הוא מוטיב קושר DNA. הזיהוי והקישור ל-DNA על ידי חלבוני הליקס-סיבוב-סליל נעשים על ידי שני סלילי α, האחד תופס את הקצה ה-N-טרמינלי של המוטיב, והשני בקצה ה-C. ברוב המקרים, כמו ב-Cro repressor, הסליל השני תורם יותר לזיהוי ה-DNA, ומכאן שהוא מכונה לעיתים קרובות "סליל הזיהוי". הוא נקשר לחריץ העיקרי של ה-DNA באמצעות סדרה של קשרי מימן ואינטראקציות שונות של קשרי ואן דר ואלס עם בסיסים חשופים. סליל ה-α השני מייצב את האינטראקציה בין חלבון ל-DNA, אך אינו ממלא תפקיד גדול במיוחד בזיהוי שלו.[2] סליל הזיהוי והסליל הקודם לו הם תמיד בעלי אותו כיוון יחסי.[6]
סיווג מוטיבים של סליל-סיבוב-סליל
נעשו מספר ניסיונות לסווג את המוטיבים של סליל-סיבוב-סליל על סמך המבנה שלהם והסידור המרחבי של הסליל שלהם.[6][7][8] כמה מהסוגים העיקריים מתוארים להלן.
די-סלילי
מוטיב ההליקס-סיבוב-הליקס הדו-סליל הוא המוטיב הפשוט ביותר של סליל-סיבוב-סליל. שבר של Engrailed homeodomain שהקיף רק את שני הסלילים והסיבוב נמצא כתחום חלבון מתקפל באופן אולטרה-מהיר באופן עצמאי.[9]
תלת סליל
דוגמה למוטיב זה נמצא במפעיל התעתיק Myb.[10]
טטרה-סלילי
למוטיב הסליל ה-Tetra-helical-turn-helix יש סליל C-טרמינלי נוסף בהשוואה למוטיבים התלת-סליליים. אלה כוללים את תחום ה-HTH קושר ה-DNA מסוג LuxR שנמצא בגורמי שעתוק חיידקים ואת מוטיב ה-helix-turn-helix שנמצא ב-TetR - מדכאים.[11] מתרחשות גם גרסאות רב-הליליות עם סלילים נוספים.[12]
סליל מכונף-סיבוב-סליל
מוטיב הליקס-סיבוב-סליל המכונף (wHTH) נוצר על ידי צרור 3-סלילי וגיליון בטא 3 או 4 גדילים (כנף). הטופולוגיה של סלילים וגדילים במוטיבים של wHTH עשויה להשתנות. בגורם השעתוק ETS wHTH מתקפל למוטיב הליקס-סיבוב-סליל על גבי פיגום אנטי-מקבילי בטא בטא בעל ארבעה גדילים המסודרים בסדר α1-β1-β2-α2-α3-β3-β4 כאשר הסליל השלישי הוא סליל זיהוי DNA.[13][14]
מוטיבים אחרים של סליל-סיבוב-סליל שונה
נגזרות אחרות של מוטיב הסליל-סיבוב-סליל כוללות את תחום ה-DNA המקשר שנמצא ב-MarR, מווסת של עמידות מרובה לאנטיביוטיקה, היוצר סליל-סיבוב-סליל מכונף עם סליל אלפא-טרמינלי C נוסף.[8][15]
קישורים חיצוניים
מדיה וקבצים בנושא סליל-סיבוב-סליל בוויקישיתוף המזהה לא מולא ולא נמצא בוויקינתונים, נא למלא את הפרמטר.הערות שוליים
- ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ 1 2 שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ 1 2 שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ 1 2 שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
- ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).