וירואיד

מתוך ויקיפדיה, האנציקלופדיה החופשית
קפיצה לניווט קפיצה לחיפוש

וירואיד (על פי האקדמיה ללשון: נְגִיפוֹן[1]) הוא גופיף דמוי-נגיף, אך נטול המעטפת החלבונית האופיינית לנגיפים. מורכב ממקטע RNA חד-גדילי טבעתי.[2] וירואידים גורמים למספר מחלות בצמחים, חלקן אף קטלנות לנושא המחלה. הוירואידים[3][4] שלא כמו הווירוסים, חסרי ציפוי חלבון. כל הווירואידים הידועים הם תושבי אנגיוספרים (צמחים פורחים),[5] ורובם גורמים למחלות, שחשיבותן הכלכלית משתנה מאוד.[6] מחקר שנערך לאחרונה בשיטת (Metatranscriptomics) מצביע על כך שמגוון הפונדקאים של וירואידים ואלמנטים דמויי וירואידים אחרים הוא רחב יותר מכפי שחשבו בעבר ואינו מוגבל לצמחים, ומקיף גם את הפרוקריוטים.[7]

וירואידים הם היצורים הפתוגנים הקטנים ביותר בטבע: גודל הגנום של הווירואיד הקטן ביותר עומד על כ-220 נוקלאוטידים, לעומת הנגיף הידוע הקטן ביותר המסוגל לגרום למחלות מכיל גנום בן כ-2,000 נוקלאוטידים. לכן הווירואידים מכונים לעיתים "פתוגנים תת-נגיפיים".

מחלה וירואידית בפקעות של תפוחי אדמהPotato spindle tuber viroid

דרכי הדבקה

רוב הוירואידים הידועים מדביקים צמחים. הם מועברים לפונדקאים צמחיים חדשים במספר דרכים

  • העברה על ידי כנימות,
  • זיהום צולב בעקבות נזק מכני לצמחים כתוצאה משיטות גננות או חקלאיות
  • מעבר מצמח לצמח על ידי מגע בין עלים.[8][9]

עם הדבקה, הוירואידים משתכפלים בגרעין התא (Pospiviroidae) או בכלורופלסטים (Avsunviroidae) של תאי הצמח בשלושה שלבים באמצעות מנגנון המבוסס על RNA. לשם כך מופעל האנזים RNA פולימראז II, המצוי התאי הפונדקא. אנזים זה קשור בדרך כלל לסינתזה של mRNA מ-DNA, אשר בנוכחות הוירואיד מזרז סינתזה של RNA חדש תוך שימוש ב-viroid כתבנית.[10]

שלא כמו וירוסים צמחיים המייצרים חלבוני הנעה (movement proteins), וירואידים הם סבילים לחלוטין ומסתמכים על המארח. תכונה זו שימושיתל בחקר קינטיקה של RNA בצמחים.[11]

השתקת RNA

קיימת אי ודאות לגבי האופן שבו וירואידים מעוררים תסמינים פתוגניים בצמחים מבלי לקודד מולקולות של חלבון כלשהן ברצפים שלהם.[12] עדויות מצביעות על כך שקיים תהליך של השתקת RNA.[13] שינויים בגנום הוירואידים יכולים לשנות באופן משמעותי את הרעילות שלו.[14] זה משקף את העובדה שלכל siRNA המיוצר ימצאו פחות זיווגים משלימים עם mRNA. vביטוי טרנסגני של (Short hairpin RNA) הלא זיהומי של וירואיד פקעת תפוח האדמה, מפתח את כל התסמינים הדומים ל-viroid.[15] זה מצביע על כך שכאשר וירואידים משתכפלים באמצעות RNA עם מספר גדילים כפול, הם משוכפלים על ידי אנזים חותך ומתפצלים ל-siRNAs שמועלים לאחר מכן על קומפלקס ההשתקה המושרה על ידי RNA. ה-siRNAs של הוירואידיים מכילים רצפים המסוגלים לבצע חיבורים של בסיסים משלימים עם ה-mRNA ak הצמח עצמו, והשרhת ההכפלה או עיכוב התרגום גורמת לתסמיני הוירואידים הקלאסיים.[16]

הגנום השלם של הוירואיד PST

השערת עולם ה-RNA

ההשערה של Diener משנת 1989[17] הציעה שהתכונות הייחודיות של וירואידים הופכות אותם למקרומולקולות סבירות יותר מאשר אינטרונים, או RNAs אחרים שנחשבו בעבר כ"שרידים חיים" אפשריים של עולם RNA היפותטי, פרה-תאי. חקר הווירוסים קיבל משמעות מעבר לוירולוגיה של הצמחים במסגרת תורת האבולוציה, מכיוון שתכונותיהם הופכות אותם למועמדים סבירים יותר מאשר RNAs אחרים לבצע שלבים מכריעים בהתפתחות החיים מחומר דומם, המכונה ביוגנזה. ההשערה של Diener נשכחה ברובה עד 2014, והוזכרה במאמר סקירה של Flores וחב',[18] שבו הובאו הטיעונים של Diener התומכות בהשערתו

  • גודלם הקטן של וירואידים, שנכפה על ידי שכפול מועד לשגיאות.
  • תכולת הגואנין והציטוזין הגבוהה שלהם, מה שמגביר את היציבות ואת יציבות השכפול.
  • המבנה המעגלי המבטיח שכפול מלא ללא תגים גנומיים.
  • קיום מחזוריות מבנית, המאפשרת הרכבה מודולרית לגנום מוגדל.
  • היעדר יכולת קידוד חלבון התואם בית גידול ללא ריבוזומים.
  • שכפול מתווך בחלקם על ידי ריבוזימים - טביעת האצבע של עולם ה-RNA.

הנוכחות, בתאים קיימים, של RNAs עם תכונות מולקולריות חזויות עבור RNAs של עולם ה-RNA מהווה טיעון רב עוצמה נוסף התומך בהשערת עולם ה-RNA. עם זאת, מקורם של הוירואידים עצמם מעולם ה-RNA הזה הוטל בספק על ידי מספר חוקרים, כולל גילוי של רטרו-זימים (משפחה של רטרוטרנספוזונים המייצגים כנראה את אבותיהם) והיעדרם המוחלט מאורגניזמים מחוץ לצמחים. (פרוקריוטים כולל חיידקים וארכיאה).[19][20][21] עם זאת, מחקרים עדכניים מצביעים על כך שהמגוון של וירואידים ושל אלמנטים דמויי וירואידים אחרים הוא רחב יותר ממה שחשבו בעבר ושהוא לא יהיה מוגבל לצמחים ויקיף אפילו את הפרוקריוטים. התאמות בין cccRNAs viroid ו-CRISPR spacers מצביעות על כך שחלקן עשויות להשתכפל בפרוקריוטים.[7]

שיטות לבדיקת וירואידים

פיתוח בדיקות המבוססות על שיטות ELISA, PCR והיברידיזציה של חומצות גרעין l[22] אפשרו זיהוי מהיר וזול של וירואידים ידועים בבדיקות ביולוגיות, בדיקות פיטוסניטריות ולמטרות הסגר.[23]

היסטוריה

בשנות ה-20 של המאה ה-20 אובחנו תסמינים של מחלת תפוחי אדמה שלא הייתה ידועה בעבר בשדות של ניו יורק וניו ג'רזי. תסמיני המחלה הייתה התארכות של הפקעות בצמחים שנפגעו וצורתם נפגמה. המחלה כונתה מחלת פקעת ציר תפוחי האדמה.[24] הסימפטומים הופיעו על צמחים שעליהם נעשתה הנלצה על ידי העברת חלקי פקעת מצמחים מודבקים, מה שמצביע על כך שהמחלה נגרמה על ידי גורם פתוגני שניתן להעביר. עם זאת, לא ניתן היה למצוא תסמינים של פטרייה או חיידק הקשורים באופן עקבי לצמחים הנושאים את התסמינים. לפיכך, ההנחה הייתה שהמחלה נגרמת על ידי וירוס. למרות ניסיונות רבים לאורך השנים לבודד ולטהר את הנגיף המשוער, תוך שימוש בשיטות מתוחכמות יותר ויותר, אלה לא צלחו כאשר יושמו על תמציות מצמחים שנפגעו ממחלת פקעת תפוחי אדמה. בשנת 1971, תיאודור או. דינר הראה שהגורם הפתוגני אינו וירוס, אלא סוג חדש לחלוטין של פתוגן, 1:80 מגודל של וירוסים טיפוסיים, והציע את המונח "וירואיד".[25] במקביל למחקרים בחקלאות, נעשה מחקר מדעי בסיסי על מנת לאפיין את התכונות הפיזיקליות, הכימיות והמקרו-מולקולריות של הוירואידים. הוכח כי וירואידים מורכבים ממתיחה קצרה (כמה מאות נוקלאוטידים) של RNA חד-גדילי, ובניגוד לנגיפים, לא היה להם מעטה חלבוני. וירואידים קטנים ביותר, בנויים מ-246 - 467 נוקלאוטידים, קטנים יותר מפתוגנים אחרים של צמחים, הם מורכבים מפחות מ-10,000 אטומים. לשם השוואה, הגנום של הנגיפים הקטנים ביותר הידועים המסוגלים לגרום לזיהום בעצמם הוא באורך של כ-2,000 נוקלאוטידים.[26][27]

בשנת 1976, Sanger et al.[28] הציג ראיות לכך שוירואיד פקעת ציר תפוחי אדמה הוא "מולקולת RNA חד-גדילית, סגורה קוולנטית, עגולה, הקיימת כמבנה דמוי מוט בעל זוגות, בסיסית ביותר". זוהי המולקולה הראשונה בעלת מבנה של RNA מעגלי, בניגוד ל-RNA ליניארי, יוצר לולאה רציפה סגורה קוולנטית, שבה חוברו קצוות 3' ו-5' הקיימים במולקולות RNA ליניאריות. סנגר וחב'. סיפקו גם ראיות למעגליות האמיתית של וירואידים בכך שגילו שלא ניתן היה לזרחן את ה-RNA בקצה ה-5'. בבדיקות נוספות, הם הראו שלא ניתן למצוא אפילו קצה 3' חופשי אחד, מה ששלל את האפשרות שלמולקולה יהיו שני קצוות 3'. וירואידים הם אפוא RNA מעגליים אמיתיים.[29] התגליות הראשונות של וירואידים בשנות ה-70 הובילו להרחבה השלישית העיקרית מבחינה היסטורית של התפתחות הביוספרה על מנת לכלול ישויות צורות חיים קטנות יותר. לאחר התגליות בשנת 1675 על ידי אנטוני ואן לוונהוק של המיקרואורגניזמים "הבלתי נראים" ובשנים 1892–1898 על ידי דימיטרי יוסיפוביץ' איבנובסקי ומרטינוס ביירינק של גילוי הנגיפים ה"תת-מיקרוסקופיים". התכונות הייחודיות של וירואידים הוכרו על ידי הוועדה הבינלאומית לטקסונומיה של ווירוסים-International Committee Taxonomy of Viruses =ICTV,[30] ביצירת סדרה חדשה המכונה סדרת יצורים תת-ויראליים.[31] הוירואיד המוכר הראשון, שהתברר כגורם הפתוגני של מחלת פקעית תפוחי האדמה התגלה, אופיין בשיטה ביומולקולרית המכונה (metatranscriptomics).[32] הוירואיד כונה על ידי החוקר Theodor Otto Diener (אנ'), פתולוג צמחים במרכז המחקר של משרד החקלאות האמריקאי. הגילוי התרחש בשנת 1971[27] ונקרא potato spindle tuber viroid= PSTVd. הוירואיד Citrus exocortis viroid (אנ')- (CEVd) התגלה זמן קצר לאחר מכן. גילוים של שני וירואידים אלה, ה-PSTVd וה-CEVd עיצבו את מושג המקובל הוירואיד.[11]

תהליך ההדבקה וההתרבות של וירואידים בעלים
תהליך שיעתוק על ידי רטרוטרנספוזון

עד 2007 התגלו למעלה מ-30 מיני וירואידים המתחלקים בין שתי משפחות.[33] משפחה אחת כוללת שני סוגים והשנייה חמישה סוגים. הוירואיד הראשון שהתגלה, ה-PST, גורם למחלה בתפוח אדמה. הוירואיד מורכב מגדיל RNA בן 359 נוקלאוטידים. הגנום של הוירואידים אינו מכיל גנים ואינו מקודד לייצור חלבונים. במשך שנים רבות לא היה ברור כיצד מסוגל הוירואיד לגרום למחלות ללא היכולת לייצור חלבונים. דינר הניח ב-1989 כי וירואידים עשויים לייצג "שרידים חיים" מעולם ה-RNA העתיק והלא-תאי.[34][35] בעקבות גילוי הרטרוזימים (retrozymes) המסוגלים להשאיל חלבונים ולהזיזם לאתרים שונים בגנום, הוצע כי וירואידים ואלמנטים דמויי וירואידים שייכים למחלקה חדשה הודות להתפתחות תהליך שעיתוק המכונה (retrotransposon).[19][20][21] התאוריה המקובלת כיום היא שה-RNA הוירואידי נצמד ל-mRNA בתא הצמח וגורם להשתקתו באמצעות מנגנון RNAi. במילים אחרות, הווירואיד מונע ייצור חלבונים חיוניים בתא הצמח, דבר הגורם למחלה. הוירואיד משתמש במנגנון השכפול של תא הצמח (האנזים RNA פולימראז) על מנת להתרבות.

המבנה החד-גדילי והמעגליות של ויירואידים אושרו על ידי מיקרוסקופיה אלקטרונית.[36] רצף הנוקלאוטידים המלא של ויירואיד פקעת תפוחי אדמה נקבע בשנת 1978.[37] PSTVd היה הפתוגן הראשון של אורגניזם אוקריוטי שעבורו הוקם המבנה המולקולרי המלא. למעלה משלושים מחלות צמחים זוהו מאז כנגרמות ויירואידיות, לא נגרמות בווירוס, כפי שהניחו.[26][38] ארבעה וירואידים נוספים או חלקיקי RNA דמויי וירואידים התגלו בין השנים 2009 ל-2015.[23]

המבנה של וירואיד Hepatitis D

בשנים האחרונות התגלו וירואידים באורגניזמים מהחי. הפתוגן האנושי הפטיטיס D הגורמם לצהבת מטיפוס D נחשב לגורם תת-ויראלי הדומה במבנהו לוירואיד.[39]

טקסונומיה

קישורים חיצוניים

ויקישיתוף מדיה וקבצים בנושא וירואיד בוויקישיתוף   המזהה לא מולא ולא נמצא בוויקינתונים, נא למלא את הפרמטר.

הערות שוליים

  1. ^ נְגִיפוֹן במילון ביולוגיה כללית (תשס"ט), 2009, באתר האקדמיה ללשון העברית
  2. ^ Benjamin D. Lee, Eugene V. Koonin, Viroids and Viroid-like Circular RNAs: Do They Descend from Primordial Replicators?, Life 12, 2022-01-12, עמ' 103 doi: 10.3390/life12010103
  3. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  4. ^ בתהליכי בנייה "תבנית:Cite web"
  5. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  6. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  7. ^ 1 2 שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  8. ^ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 בתהליכי בנייה "תבנית:Cite book"
  9. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  10. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  11. ^ 1 2 שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  12. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  13. ^ David Baulcombe, RNA silencing in plants, Nature 431, 2004-09-15, עמ' 356–363 doi: 10.1038/nature02874
  14. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  15. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  16. ^ בתהליכי בנייה "תבנית:Cite book"
  17. ^ Diener, T O. "Circular RNAs: relics of precellular evolution?."Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 1989;86(23):9370-9374
  18. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  19. ^ 1 2 שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  20. ^ 1 2 שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  21. ^ 1 2 שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  22. ^ Nucleic Acid Hybridization - an overview | ScienceDirect Topics, www.sciencedirect.com
  23. ^ 1 2 שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  24. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  25. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  26. ^ 1 2 בתהליכי בנייה "תבנית:Cite book"
  27. ^ 1 2 בתהליכי בנייה "תבנית:Cite web"
  28. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  29. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  30. ^ Home | ICTV, ictv.global (ב־English)
  31. ^ בתהליכי בנייה "תבנית:Cite book"
  32. ^ H. - L. Weidemann, Ursula Buchta, A simple and rapid method for the detection of potato spindle tuber viroid (PSTVd) by RT-PCR, Potato Research 41, 1998-03-01, עמ' 1–8 doi: 10.1007/BF02360256
  33. ^ Viroids | ICTV, ictv.global
  34. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  35. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  36. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  37. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  38. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
  39. ^ שגיאת לואה ביחידה יחידה:Citation/CS1/Configuration בשורה 1739<includeonly></includeonly>: attempt to index field '?' (a nil value).
אוחזר מתוך "https://ivritpedia.com/index.php?title=וירואיד&oldid=123924"