הבחירות הפרלמנטריות באסטוניה 1999 התקיימו ב-7 במרץ 1999. בבחירות 1995 מפלגת הקואליציה רצה יחד עם איחוד העם האסטוני, ובבחירות אלו רצו בנפרד, ותוצאות הבחירות ריסקו אותם לשבעה מושבים בלבד לכל מפלגה.